La bandera ondeó por primera vez el día de la independencia, 12 de octubre de 1968, y ostentaba el escudo nacional en el centro. Sin embargo, en 1973, durante el régimen de Francisco Nguema, se utilizó en la bandera un escudo nacional diferente. Bajo el reinado de Nguema, el escudo constaba de varias herramientas, una espada y una gallina. El lema nacional modificado "Trabajo" y "Unidad, Paz, Justicia" se escribió en dos franjas. El escudo de armas original fue restaurado después de que Nguema fuera depuesto el 21 de agosto de 1979. Las armas consisten en un escudo de plata con un árbol de algodón de seda, o Ceiba en el idioma local, que se derivó de las armas de Río Muni. Sobre el escudo hay un arco de 6 estrellas amarillas de seis puntas, que representan a Río Muni y las islas de la costa. Debajo del escudo hay un pergamino plateado con el lema nacional, "Unidad, Paz, Justicia". Se considera que bajo un árbol de algodón de seda se firmó un tratado entre España y un gobernante local que marcó el comienzo del dominio colonial.