En particular, se hace referencia a la bandera en el tercer verso del himno nacional de Pakistán y se ondea ampliamente en varios días importantes del año, incluido el Día de la República, el Día de la Independencia y el Día de la Defensa. También se iza todas las mañanas en escuelas, oficinas y edificios gubernamentales con el himno nacional y se vuelve a bajar antes del atardecer. Cada noche, los Rangers de Pakistán y sus homólogos de la Fuerza de Seguridad Fronteriza de la India llevan a cabo una ceremonia muy elaborada de izamiento y descenso de banderas en el cruce fronterizo de Wagah-Attari entre India y Pakistán, al que asisten regularmente cientos de espectadores. El Gobierno de Pakistán ha formalizado normas y reglamentos relacionados con el vuelo de la bandera nacional; se exhibirá todo el día a toda máquina el 23 de marzo de cada año para conmemorar la adopción de la Resolución de Lahore en 1940 y la declaración de Pakistán como república islámica independiente con una constitución en 1956, ambas ocurridas el mismo día. Las mismas normas también se aplican el 14 de agosto de cada año, en celebración del día de la independencia de Pakistán; cuando el país se separó de la antigua India británica como la patria y el estado-nación de los musulmanes del subcontinente indio.

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En 1947, el virrey de la India, Louis Mountbatten, propuso una bandera nacional para el estado de Pakistán que comprendía la bandera de la Liga Musulmana de toda la India, aunque con una bandera británica en el cantón. Esta propuesta fue rechazada por Muhammad Ali Jinnah con el argumento de que el pueblo paquistaní no aceptaría una bandera con la cruz cristiana de San Jorge junto a una estrella y una media luna islámicas, así como la bandera de una potencia colonizadora encima de la bandera paquistaní.

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El verde islámico de la bandera representa a la población de mayoría musulmana de Pakistán, mientras que la franja blanca en el extremo del polipasto representa a sus diversas minorías religiosas, es decir, no musulmanes, como hindúes, cristianos, sijs, zoroastrianos y otros. La estrella y la media luna combinadas sirven como símbolo del Islam, con la media luna representando el progreso y la estrella de cinco puntas representando la luz y el conocimiento. La bandera simboliza el compromiso de Pakistán tanto con el Islam como con los derechos de las minorías religiosas.