Sin embargo, las provincias de los Países Bajos se sublevaron contra el rey Felipe II de España y el Príncipe de Orange se convirtió en el cabecilla de los rebeldes. Sobre todo los “watergeuzen” (piratas proindependentistas), que seguían las instrucciones del Príncipe, fueron una verdadera pesadilla para los españoles. Los rebeldes combatían con los colores naranja, blanco y azul, o bien “Orange Blanche Bleu”, los colores del escudo de armas del Príncipe. Tampoco fue nada de extrañar que la bandera tricolor se convirtiera en el símbolo del Príncipe de Orange y que recibiera el nombre de “la bandera del Príncipe” (Prinsenvlag ). No se sabe cuándo se desplegó por primera vez,  pero sí que aparece en ilustraciones que datan del comienzo de la Guerra de la Independencia.

La bandera estaba compuesta por tres, a veces seis o incluso nueve franjas horizontales, pero también tuvo la forma de rayos que radiaban de un centro. Los colores no tenían un orden fijo y no fue hasta finales del siglo XVI que se alcanzó cierta uniformidad. Después de 1630, la franja naranja fue sustituida poco a poco por una roja, como así se puede apreciar en cuadros de la época. Teniendo en cuenta que no había ninguna razón política para quitar el naranja, la explicación puede residir en el hecho de que el naranja y el azul celeste son dos colores apagados y mucho más difíciles de distinguir en el mar que el rojo y el azul marino. Cualquiera que sea la razón, lo que sí es seguro es que desde aproximadamente 1630 la bandera nacional siempre ha sido de color rojo, blanco y azul y que siempre se le ha llamado, la bandera del Príncipe.

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En los Países Bajos, la revolución (a finales del siglo XVIII) y la ocupación francesa también resultaron en otra bandera. Se prohibió el nombre de “bandera del Príncipe”. Se mantuvo el rojo, blanco y azul (con el visto bueno de Francia), pero en 1796 se embelleció la franja roja con una imagen de la Virgen holandesa. La Virgen, con un león a sus pies, llevaba en una mano un escudo con las fasces romanas y en la otra un gorro frigio enastado en una lanza como símbolo de la libertad. Esta bandera tuvo una vida tan corta como la de la República Bátava, para la que fue creada. Luis Bonaparte que fue nombrado rey de Holanda por su hermano, el emperador Napoleón I,  quería llevar una política puramente holandesa respetando en la medida de lo posible los sentimientos patrióticos de la población. Mandó quitar la Virgen holandesa de la bandera restableciendo así la bandera tricolor. Sin embargo, su política proneerlandesa provocó un conflicto con el emperador, y así se produjo la anexión de los Países Bajos por el Imperio francés. La bandera francesa fue sustituida por los emblemas del Imperio.

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En 1813, los Países Bajos recuperaron su independencia y el Príncipe de Orange exilado en Inglaterra, volvió al país. Volvió a aparecer la bandera tricolor que había estado escondida en los desvanes durante años, a la espera de tiempos mejores. Como muestra de apoyo a la Casa de los Orange, la población enarbolaba tanto la bandera naranja, blanca y azul como la roja, blanca y azul, ya que no se había establecido cuál de las dos banderas era el emblema nacional. Hasta hace poco tiempo, ambas banderas eran igual de oficiales, aunque la bandera roja, blanca y azul era la que más se enarbolaba, especialmente en los edificios públicos. La bandera roja, blanca y azul también fue elegida por Guillermo I con el escudo de armas de los Países Bajos sobre la franja blanca. Fue en esa misma época que surgió también la costumbre de que la bandera nacional ondeara junto con un pendón naranja, como símbolo de fidelidad a la Casa de los Orange.

En 1937, se estableció por Decreto Real que los colores de la bandera nacional son el rojo, el blanco y el azul (los colores heráldicos: bermellón claro, blanco y azul cobalto).