Anteriormente, la bandera del Territorio en Fideicomiso de las Islas del Pacífico ondeaba junto con las banderas de las Naciones Unidas y de los Estados Unidos. La explicación de la elección de los colores tiene sus raíces en la historia y las costumbres del pueblo palauano. El azul claro del campo simboliza el Océano Pacífico y también representa la transición de la dominación extranjera al autogobierno. El disco dorado, que se encuentra ligeramente descentrado hacia el polipasto, representa la luna llena. Los palauanos consideran que la luna llena es el momento óptimo para la actividad humana. En esta época del mes se realizan festejos, pesca, siembra, recolección, tala de árboles y tallado de las tradicionales canoas. La luna es un símbolo de paz, amor y tranquilidad.

El profesor japonés de relaciones internacionales Futaranosuke Nagoshi ha sugerido que la bandera de Palau rinde homenaje a la bandera del sol naciente de Japón y simboliza la amistad entre Palau y Japón. El ex presidente de Palau, Kuniwo Nakamura, respondió a esta teoría en una entrevista con la declaración ambigua: "Esa es una forma de decirlo".  John Blau Skebong, el diseñador de la bandera, negó tal acusación y dijo que no existe una conexión especial entre las dos banderas.