La bandera más antigua de las Maldivas consistía en un campo rojo liso. Más tarde, se agregó a la bandera un polipasto a rayas en blanco y negro llamado Dhandimathi.

Esta versión de la bandera se usó hasta principios del siglo XX cuando Abdul Majeed Didi agregó una media luna a la bandera nacional. Al mismo tiempo, se hizo una bandera estatal distinta, que tenía la media luna en un rectángulo verde. Estos cambios se realizaron en algún momento entre 1926 y 1932, durante el mandato de Abdul Majeed como Primer Ministro.

En 1953, las Maldivas se convirtieron en república, lo que resultó en otro cambio de bandera. Se dejó caer la bandera nacional y se invirtió la media luna de la bandera estatal para que quedara de frente al polipasto. El Sultanato fue restaurado en 1954, pero la bandera no se volvió a cambiar. En cambio, Muhammad Fareed Didi creó una nueva bandera específicamente para el sultán, con una estrella de cinco puntas junto a la media luna. Una versión de esta bandera todavía se usa hoy como el estandarte presidencial.

Cuando Maldivas se independizó del Reino Unido en 1965, se eliminó el polipasto blanco y negro, lo que le dio a la bandera su forma moderna.