Según la constitución de 1905, la bandera nacional era un tricolor rojo-azulado-blanco, que eran los colores del traje popular montenegrino.

Las banderas como símbolos estatales se introdujeron solo en la época de Petar II Petrović-Njegoš. Antes de él, la principal bandera montenegrina había sido el alaj-barjak (colores del regimiento) con un solo símbolo: la cruz (krst). La primera descripción escrita de una bandera montenegrina data de la época de Šćepan Mali: era blanca, con un marco rojo y una cruz dorada en la parte superior de la lanza. El siguiente viene de 1838: amarillo pálido con la pequeña cruz roja, y en 1876 la bandera se describió como roja con una cruz blanca. En la época del Príncipe Danilo, la cruz del alaj-barjak fue reemplazada por el águila bicéfala con las iniciales DI (Danilo I) en el pecho, con el león que pasa debajo. El Príncipe/Rey Nikola usó muchas banderas diferentes en su tiempo. La primera de las variantes era la misma que la de Danilo, difiriendo solo en las iniciales - NI (Nikola I). Hacia 1910 aparecieron dos nuevas variantes: una tricolor (roja, azul y blanca) con el águila bicéfala con las iniciales NI en el pecho y el león pasante en el siniestro, la otra con el águila bicéfala encima de las iniciales NI.

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A finales de 1946 se adoptó una nueva bandera para la República Popular de Montenegro como república constituyente de la República Popular Federal de Yugoslavia. Las banderas de varias repúblicas yugoslavas de SFR utilizaron sus tricolores tradicionales, con el escudo de armas monárquico reemplazado por la Estrella Roja del Comunismo. El reemplazo dejó idénticas las banderas de SR Serbia y SR Montenegro.

Después de la desintegración de SFR Yugoslavia en 1991-1992, la República de Serbia y la República de Montenegro formaron una República Federal de Yugoslavia no comunista. En 1993, esta última adoptó como bandera una tricolor horizontal de rojo, azul claro y blanco, con una proporción de tamaño de 1:3, lo que la convierte en la bandera nacional [aclaración necesaria] más ancha del mundo.

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El aumento del nacionalismo montenegrino hizo que Yugoslavia fuera reemplazada en 2003 por la Unión Estatal de Serbia y Montenegro, más flexible, que no pudo evitar que un referéndum de independencia montenegrino de 2006 precipitara la disolución de la unión. Durante este período, en 2004, la Asamblea de la República de Montenegro aprobó la "Ley de Símbolos Estatales y el Día de la Estadidad de Montenegro". Fue promulgada en el diario oficial el 12 de julio de 2004 y entró en vigor al día siguiente, que fue proclamado Día de la Estadidad. La ley de julio le dio al gobierno 60 días para producir una especificación integral; de hecho, esto se finalizó el 16 de septiembre de 2004 y se publicó al día siguiente. Mientras tanto, algunos fabricantes de banderas habían interpretado el "borde dorado" zlatnim obrubom de la ley de julio como una franja en lugar de una bordura; la última interpretación fue confirmada por la especificación de septiembre.