La necesidad de una bandera para Nueva Zelanda se hizo evidente por primera vez cuando el buque de carga Sir George Murray, construido en Hokianga, fue capturado por oficiales aduanales en el puerto de Sídney. El barco había estado navegando sin bandera, lo que era una violación a las leyes de navegación británicas. Las embarcaciones neozelandesas no podían ostentar banderas británicas debido al estatus colonial de Nueva Zelanda. Entre los pasajeros en aquella nave se encontraban dos jefes maoríes de alto rango, posiblemente llamados Patuone y Taonui. La detención del barco despertó la indignación del pueblo maorí. A menos que una bandera fuera elegida, los barcos continuarían siendo detenidos.

La primera bandera neozelandesa fue seleccionada el 20 de marzo de 1834 en una reunión convocada por el representante británico James Busby a través de una votación realizada por las Tribus Unidas de Nueva Zelanda en un encuentro de 25 jefes maoríes, quienes más tarde hicieron la declaración de independencia de Nueva Zelanda, en Waitangi en 1835. Tres banderas fueron propuestas, todas ellas diseñadas supuestamente por el misionero Henry Williams, quien jugaría un papel importante en la traducción del Tratado de Waitangi en 1840. Los jefes rechazaron otras dos propuestas que incluían a la bandera británica, para apoyar a una bandera que era una modificación de la Cruz de San Jorge. La bandera sería conocida como Pabellón Blanco y sería la llamada bandera de las Tribus Unidas de Nueva Zelanda. La necesidad de una bandera era apremiante, no solo porque las naves neozelandesas estaban siendo incautadas en Sídney por no ondear una bandera nacional, sino también como símbolo de la independencia declarada por los jefes maoríes.

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Después de firmar el Tratado de Waitangi, la bandera británica fue usada como bandera oficial, aunque la antigua bandera de las Tribus Unidas continuó siendo utilizada por algunos barcos de Nueva Zelanda y en muchos casos también en tierra. La sede de la Compañía de Nueva Zelanda en Wellington, por ejemplo, continuó usando la bandera de las Tribus Unidas hasta que el gobernador William Hobson les ordenó reemplazarla en 1841.

La primera bandera neozelandesa basada en la bandera del Reino Unido fue introducida en 1867 después del Acta Colonial de Defensa Naval de 1865, en la cual se requería que todas las naves que fueran propiedad de los gobiernos coloniales ostentaran la enseña azul alterada de la Marina Real británica, que además debía incluir una insignia colonial. Nueva Zelanda no tenía insignia colonial, ni un escudo propio, por lo que fueron añadidas las letras "NZ" a la enseña azul.

La bandera actual fue introducida en 1869. Inicialmente fue usada solo en naves del gobierno, pero fue adoptada como la bandera nacional de facto después de un surgimiento de patriotismo a partir de la segunda guerra de los bóeres en 1902. Para acabar con la confusión entre varios diseños de la bandera, el Gobierno Liberal redactó un documento oficial aprobado por el rey Eduardo VII el 24 de marzo de 1902 en el que se declaraba a esta bandera como la bandera nacional de Nueva Zelanda. El diseño de la bandera de las Tribus Unidas también está presente en el reverso de las medallas entregadas a los soldados que sirvieron en la guerra de los bóeres,3​ lo que indica que la bandera de las Tribus Unidas seguía siendo usada en Nueva Zelanda alrededor de esta época.