El diseño anterior de la bandera presentaba un campo blanco liso cargado con la cruz roja acopada. Sin embargo, más tarde se descubrió que esta bandera era casi idéntica al emblema de la Cruz Roja Internacional, que había sido adoptado en 1863. Como resultado de este descubrimiento, la bandera de Tonga se colocó en el cantón de un campo rojo en su lugar, dando lugar al diseño actual de la bandera. No obstante, el diseño anterior sigue siendo un símbolo nacional de Tonga.

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Los británicos llegaron por primera vez a Tonga a finales del siglo XVIII, cuando el capitán James Cook realizó tres visitas a las islas entre 1773 y 1777. Aproximadamente cincuenta años después, misioneros metodistas wesleyanos ingleses llegaron a Tonga y comenzaron a convertir a los isleños al cristianismo. En 1831, lograron convertir al "jefe supremo" Taufa'ahau Tupou, que se convirtió en el rey George Tupou I en 1845. Fue en esa época (hacia 1840) cuando se adoptó la primera bandera tongana. Consistía en un campo blanco con una cruz (de color rojo o azul) en las cuatro esquinas y las letras "A" (en rojo) y "M" (en azul) en el centro, que simbolizan al rey.

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Al acceder al trono, el rey quiso diseñar una nueva bandera para la nación, una que representara el cristianismo. Se hizo amigo de Shirley Waldemar Baker -miembro de la misión del Reino Unido en Tonga que más tarde se convertiría en Primer Ministro de Tonga- y trabajaron juntos en la formulación de una nueva bandera, escudo de armas e himno nacional para Tonga. El nuevo diseño se asemejaba a la enseña roja británica, ya que las tres cuartas partes consistían en un simple campo rojo, con un "cantón distintivo" en la parte superior del izado; se utilizó por primera vez en 1866. El 4 de noviembre de 1875 se formuló y proclamó una nueva constitución para el reino, que codificaba el nuevo diseño de la bandera y marca el momento en que se adoptó como bandera nacional.