La bandera tiene probablemente un significado mucho más antiguo que las explicaciones más tradicionales y populares de su diseño. La creencia más difundida, explicitada especialmente durante el Estado Novo (el régimen autoritario nacionalista ocurrido entre 1933 y 1974, cuando lo puso fin la Revolución de los Claveles), dice que el verde representa la esperanza y el rojo la sangre de los que lo han dado todo por la nación. Esta definición de los colores es la más aceptada actualmente, aunque el sentido original es más bien incierto.

Según otras teorías, el rojo representa el alba y la puesta del sol en la singladura de los barcos portugueses durante la Era de los Descubrimientos en el siglo xvi, mientras que el verde evoca el color de los océanos surcados por los grandes navegantes portugueses.

Otra teoría, por último, dice que el rojo significa la sangre derramada en las batallas contra los sarracenos de los siglos XII-XV y que el verde representaría los campos donde tuvieron lugar estas batallas.

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El escudo tradicional portugués ha estado presente en casi todas las banderas que se han ido sucediendo. Es el símbolo primigenio de Portugal, uno de los símbolos nacionales más antiguos aún en uso, y por supuesto uno de los más antiguos de Europa. Usado hace más de 800 años, aparece en todas las banderas excepto la primera. El escudo, de hecho, tiene las raíces en la primera bandera (1143-1185) y el primer rey de Portugal.

Los cinco puntos blancos (besantes) de los cinco escudetes del centro de la bandera hacen referencia a una leyenda relativa al primer rey de Portugal, Alfonso I. Según ésta, antes de la batalla de Ourique (26 de julio de 1139), el rey Alfonso rogaba al pueblo portugués cuando se le apareció Jesús en la cruz. El rey ganó la batalla y, como muestra de gratitud, incorporó las cinco llagas de Cristo (los estigmas) en su bandera. Este mito, similar al ocurrido con el emperador romano Constantino, parece que fue forjado para obtener el reconocimiento del rey portugués por parte de la Santa Sede. Según otra leyenda, los escudetes representarían a los cinco reyes moros derrotados en la mencionada batalla.

Los castillos, que originariamente eran nueve, son un símbolo de las victorias de Portugal sobre sus enemigos durante el reinado de Alfonso III. Harían referencia a los nueve castillos sarracenos tomados por las tropas portuguesas en 1249; además, el castillo era el emblema del Reino del Algarve, el último en ser conquistado por los portugueses, cuando se delimitaron definitivamente las fronteras. Más adelante, el rey Juan II redujo el número de castillos en la bandera a solo siete.

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El dibujo circular es una esfera armilar que sustituyó a la corona de la antigua bandera monárquica. Representaba el Imperio Colonial Portugués en la época de la Revolución y al mismo tiempo los descubrimientos de los navegantes portugueses por todo el mundo. Era el símbolo de Manuel I el Afortunado (1495-1521), que reinó durante el periodo considerado el de máxima pujanza de Portugal. Además, la esfera armilar era también un símbolo que se usaba con frecuencia en las picotas que presidían las plazas públicas (los llamados pelourinhos). Dicha esfera posee 5 arcos que representan el ecuador de la Tierra, así como el meridiano y dos paralelos.8​

La esfera fue introducida por primera vez en la bandera por Juan VI (1816-1826) como símbolo del Reino de Brasil cuando declaró este país uno de los reinos del Reino Unido de Portugal, Brasil y Algarve. Fue sacada de la bandera después de la muerte del rey, ya que durante su reinado Brasil había conseguido la independencia. El hecho de retirar la esfera armilar de la bandera fue una de las voluntades testamentarias del rey, más que una maniobra de su hijo Pedro, el futuro emperador Pedro I de Brasil, con el fin de mantener este territorio dentro de la familia.