Los portugueses colonizaron las islas de São Tomé y Príncipe en el siglo XVI y las incorporaron a su imperio colonial. Cuatro siglos más tarde, la masacre de Batepá en 1953 avivó el sentimiento nacionalista y galvanizó la lucha por la independencia. Esto fue liderado por el Movimiento de Liberación de São Tomé y Príncipe (MLSTP), que se estableció siete años después. Sin embargo, los portugueses se negaron a conceder la independencia y continuaron luchando hasta que ocurrió la Revolución de los Claveles en 1974. El nuevo gobierno decidió retirarse de sus colonias restantes y negoció una hoja de ruta hacia la independencia con el MLSTP, al que reconocieron como el "único representante" de las islas. Se presentaron varias propuestas para una nueva bandera, todas las cuales utilizaron los colores del movimiento panafricanista. Todas estas propuestas fueron rechazadas y se aprobó una nueva bandera, supuestamente diseñada por el líder del MLSTP y futuro presidente Manuel Pinto da Costa. Fue adoptada el 12 de julio de 1975, el día en que el país se independizó, o el 5 de noviembre del mismo año. La bandera es casi idéntica a la bandera del MLSTP y, aunque perdieron su "monopolio de poder" en 1990, la bandera permaneció sin cambios.