La característica bandera talibán esta basada en la enseña blanca monocromática de los muyahidines, el grupo extremista religioso que combatió en los 80 y 90 contra la Unión Soviética, y que propiciaría la derrota de la potencia euroasiática de ese entonces. La misma data de la toma de Kabul en 1996. Tiempo más tarde se añadiría la shahāda, o profesión de la fe islámica, que es la declaración de fe en un único Dios (Alá), de acuerdo con la fe islámica y las enseñanzas de Mahoma. El sentido de la inclusión de esta frase en la bandera es muy similar al que hacen otras enseñas similares de países confesionales islámicos, como la de Arabia Saudita.

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Pese a lo anterior, las fuerzas opositoras al régimen talibán han mantenido la simbología de la derrocada república islámica, incluyendo la bandera, que fuera adoptada el 4 de enero de 2004 y posteriormente sería modificada el 19 de agosto de 2013, en conjunto con la nueva Constitución afgana, consistente en tres franjas verticales en negro, rojo y verde, incluyendo en el centro al emblema del Estado en blanco. Estos colores nacionales, usados por primera vez en 1928, representan el pasado, la lucha independentista y el progreso, respectivamente. Esta bandera ha tenido casi siempre el escudo (que ha variado notablemente) y las franjas negro-rojo-verde (en distintas posiciones y significados atribuidos). Desde la independencia hasta octubre de 1978 la bandera tuvo una proporción 2:3, restaurado con la actual, y entre octubre de 1978 y hasta 2004 una proporción 1:2. En el emblema aparece representada una mezquita (con dos banderas) con el minbar y el mihrab sobre la que se ubica el takbir (الله أكبر, Allahu Akbar, "Alá es grande"), un pequeño sol naciente y la shahāda; debajo aparece el año 1298 del calendario persa (equivalente a 1919 del calendario gregoriano, año de la proclamación de la independencia) y la palabra افغانستان ("Afganistán") en una cinta que entrelaza la corona de espigas de trigo.