La bandera representa la unidad nacional, el respeto por el trabajo, el heroísmo y la confianza en el futuro. Según la justificación oficial del estado, la bandera fue adoptada (junto con un nuevo himno nacional en ese momento) para evitar connotaciones con el genocidio de 1994, que se afirmaba que la anterior encarnaba. Sin embargo, algunos ruandeses expresaron dudas en ese momento sobre la argumentación y lo vieron como un intento del gobernante Frente Patriótico Ruandés de expresar su poder político al cambiar los símbolos del estado. La bandera fue diseñada por Alphonse Kirimobenecyo.

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La bandera anterior de Ruanda era un tricolor rojo-amarillo-verde con una gran letra "R" negra (para distinguirla de la bandera idéntica de Guinea, con la "R" representando a Ruanda). Derivados de la bandera de Etiopía, los colores verde, amarillo y rojo representaban la paz, la esperanza de desarrollo de la nación y el pueblo. Los colores estaban asociados con los colores panafricanos. La bandera fue cambiada porque aparentemente se asoció con la brutalidad del genocidio de 1994. Sin embargo, algunos ruandeses expresaron dudas en ese momento sobre la argumentación declarada y simplemente lo vieron como un intento del gobernante Frente Patriótico Ruandés de afirmar su poder político cambiando los símbolos estatales establecidos.