Al igual que la antigua bandera de Cabo Verde, la bandera se basa en la del Partido Africano para la Independencia de Guinea y Cabo Verde (PAIGC). El partido se estableció en 1956 para hacer una campaña pacífica por la independencia de Portugal durante su régimen de Estado Novo, pero recurrió al conflicto armado en la década de 1960 y fue uno de los beligerantes en la Guerra de Independencia de Guinea-Bissau de 1963-1974. Sigue siendo el partido dominante en Guinea-Bissau. La bandera del partido PAIGC se derivó de la de Ghana, que fue el primer diseño en utilizar la combinación panafricana de rojo, amarillo, verde y negro en 1957. 

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Los colores son los típicos del panafricanismo con una significación específica para cada elemento:

- El rojo representa la sangre derramada por los combatientes en la lucha por la libertad en las junglas de Guinea. Muchos soldados murieron por la independencia de Guinea y Cabo Verde, antiguas colonias portuguesas hasta la independencia en 1975.

- El verde es la vía futura, la vegetación y la esperanza en la lucha.

- El amarillo es el color del oro. Cabral dijo que la unidad entre nosotros y África es más preciosa que el oro.

- La estrella negra representa la unidad de África. Las cinco puntas de la estrella negra son los cinco sentidos del hombre: la vista, el oído, el gusto, el olfato y el tacto.