Para elegir la nueva bandera, se presentaron diversos grupos de propuestas. El primer grupo de éstas contenía tres. La primera propuesta, llamada el "modelo checo", era similar a la bandera de dicho país, pero con colores rojo, verde y azul representando a las tres comunidades. La segunda constaba de un fondo celeste con una rama dorada de olivo, representando a la paz. Finalmente, la tercera propuesta también tenía fondo celeste pero incluía una figura con la forma del país en el centro.

En el segundo grupo de propuestas destacaba la primera alternativa. La bandera estaría compuesta por un diseño diagonal tricolor en blanco, azul y rojo  y en su centro se ubicaría el mapa del país en color azul rodeado de 10 estrellas amarillas. La segunda alternativa era similar a la anterior, pero incluía 12 estrellas en honor a la Unión Europea. La tercera alternativa ampliaba la franja central blanca, mientras el mapa era de color amarillo con borde verde y bajo el cual se ubicaban dos ramas de olivos de igual forma que en la bandera de las Naciones Unidas. El cuarto y último diseño tenía el mismo emblema que el tercero, pero las franjas eran horizontales, siendo el azul el color superior, blanco el central y rojo el inferior.

En 1998 fue presentado un grupo de banderas diseñado por el Alto Representante para Bosnia y Herzegovina Carlos Westendorp, el cual contenía tres diseños. El primero sería la base de la actual bandera, pero con un color azul claro, similar al de la bandera de la ONU, y con 10 estrellas fijas. El segundo y el tercer diseño constaban de barras amarillas y claras que se intercalaban sobre el fondo celeste.

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La bandera actual, basada en el primer diseño de Westendorp, fue adoptada el 2 de febrero de 1998. El diseño sería elegido por el Alto Representante, al no ser capaz el parlamento bosnio de encontrar una solución aceptable por todas las partes. Esta bandera fue seleccionada por no contener ninguna referencia histórica o de otro tipo al estado bosnio. El color azul ONU se cambió por un azul más oscuro, asemejándola a la bandera de la Unión Europea. Carlos Westendorp declaró que ese azul oscuro simbolizaba la unión de Bosnia Bosnia y Herzegovina con Europa. Finalmente, la bandera sería oficialmente presentada durante la ceremonia inaugural de los Juegos Olímpicos de Nagano 1998.

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La bandera de Bosnia y Herzegovina está formada por un paño azul, con un triángulo rectángulo isósceles de color amarillo en el centro, cuyos catetos tienen un tamaño igual al ancho de la bandera, tocando uno de sus catetos el borde superior de esta, y estando el otro orientado hacia el lado exterior de la bandera. A lo largo de la hipotenusa del triángulo aparecen en color blanco siete estrellas de cinco puntas y dos medias estrellas que asoman por los bordes de la bandera.

Las tres puntas del triángulo representan las tres naciones de Bosnia y Herzegovina (bosnios, croatas y serbios). Las estrellas, que representan a Europa, se suponen infinitas, de ahí las dos medias estrellas que asoman por los bordes de la bandera. Los colores de la bandera suelen asociarse con la neutralidad y la paz (blanco, azul y amarillo).